Η Μύκονος, όπως και όλη η Ελλάδα, έχει και αυτή τους μύθους που την αφορούν. Σύμφωνα με έναν από αυτούς, το νησί της Μυκόνου ήταν ο βράχος που πέταξε ο Ποσειδώνας για να θάψει από κάτω του τους Γίγαντες κατά τη διάρκεια της Τιτανομαχίας. Άλλος μύθος θέλει την Μύκονο να παίρνει το όνομά της από τον ομώνυμο γιο του βασιλιά της Δήλου, Άνιο.
Η αρχαιολογική σκαπάνη με τα ευρήματα στη Φτελιά αποκαλύπτει ότι το νησί πρωτοκατοικείται γύρω στην πέμπτη χιλιετία π.Χ. Πρώτοι οικιστές θεωρούνται οι Φοίνικες και οι Κάρες, ενώ αργότερα το νησί θα αποικίσουν Ίωνες προερχόμενοι από την Αττική με επικεφαλής τον Ιπποκλή.

Κατά την αρχαιότητα η τύχη της Μυκόνου είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με αυτή του ιερού νησιού της Δήλου. Επωφελείται οικονομικά από την ακμή της Δήλου, καθώς μεταξύ άλλων αποτελεί και σταθμό των επισκεπτών πριν καταλήξουν στη Δήλο, και οδηγείται στην αφάνεια μετά την καταστροφή της.
Μετά την υποταγή της Αθήνας στους Μακεδόνες, η Μύκονος ακολουθεί την πορεία της υπόλοιπης Ελλάδας και βρίσκεται κατά σειρά υπό Μακεδονική, Ρωμαϊκή και Βυζαντινή κυριαρχία.
Η Μύκονος από το 1204 επί Φραγκοκρατίας, περιέρχεται στην κυριότητα της βενετικής οικογένειας Γκίζη στα χέρια της οποίας παραμένει ωσότου, εξαιτίας της απουσίας απογόνων, να κληροδοτηθεί στην Δημοκρατία της Βενετίας. Το 1537 ο διαβόητος Μπαρμπαρόσα λεηλατεί και την Μύκονο. Μεγάλος αριθμός κατοίκων καταλήγει στα σκλαβοπάζαρα, ενώ όσοι διαφεύγουν εγκαθίστανται στην Τήνο.

Κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας η Μύκονος, εκμεταλλευόμενη και το προνομιακό καθεστώς που απολαμβάνουν οι Κυκλάδες, ευημερεί. Το νησί αναπτύσσεται οικονομικά χάρη στη ναυτιλία, το εμπόριο αλλά και την πειρατεία , καθώς αποτελεί ορμητήριο για τους περιβόητους Πειρατές του Αιγαίου.
Στη διάρκεια των «Ορλωφικών» , η Μύκονος κατελήφθη από τους Ρώσους, οι οποίοι την είχαν στην κατοχή τους το διάστημα 1770-1774 μέχρι τη συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζή.
Με το ξέσπασμα της επανάστασης του 1821,η Μύκονος ενώνει τον στόλο της με αυτόν των υπολοίπων Ελλήνων και στρέφεται κατά των Τούρκων. Ηρωική μορφή της εποχής η θρυλική Μαντώ Μαυρογένους, η οποία διέθεσε ολόκληρη την περιουσία της για τις ανάγκες του αγώνα του Ελληνικού Έθνους. Η απελευθέρωση από τους Τούρκους, βρίσκει την Μύκονο ένα συνηθισμένο κυκλαδονήσι, μέχρι τα μέσα του 20ου αιώνα. Τότε την ανακαλύπτουν οι πρώτοι επισκέπτες-τουρίστες, οι οποίοι την ερωτεύονται με την πρώτη ματιά και την μετατρέπουν πολύ σύντομα στον κορυφαίο τουριστικό προορισμό που είναι σήμερα.