Ο Νομός Βοιωτίας κατοικείται από τους αρχαίους χρόνους, όπως δείχνουν και τα ευρήματα πρωτοελλαδικών οικισμών στην περιοχή. Κατά τη Μυκηναϊκή περίοδο, η Βοιωτία ακμάζει και αναδεικνύονται δυο σημαντικές πόλεις, η Θήβα και ο Ορχομενός. Ιδιαίτερα η Θήβα αναφέρεται σε πολλούς και σημαντικούς μύθους-ιστορίες της εποχής με κεντρικά πρόσωπα τον Οιδίποδα, την Αντιγόνη, τον Ετεοκλή και τον Πολυνίκη, τον Φρίξο και την Έλλη.

Έπειτα από τη Μυκηναϊκή εποχή, στην περιοχή μεταναστεύουν από βορειότερα μέρη (Θεσσαλία ή πιθανώς Μακεδονία) οι αποκαλούμενοι Βοιωτοί που δίνουν και το όνομά τους στον νομό.

Κατά τη διάρκεια των Περσικών Πολέμων, το μεγαλύτερο μέρος της Βοιωτίας πήγε με το μέρος των Περσών, εκτός από τις Θεσπιές, τις Πλαταιές (όπου έγινε και η περίφημη μάχη των Πλαταιών) και την Αλίαρτο. Αργότερα η Θήβα κυριαρχεί στην ευρύτερη περιοχή, μέχρι το 338 π.Χ και τη μάχη της Χαιρώνειας, οπότε και υποτάσσεται στον Φίλιππο και τους Μακεδόνες. Σε μερικά χρόνια η Θήβα επαναστατεί και ο Μέγας Αλέξανδρος την καταστρέφει σχεδόν ολοκληρωτικά. Τη Θήβα την ξαναέχτισε μετά από χρόνια ο Κάσσανδρος, ένας από τους διαδόχους του.

Κατά τη Βυζαντινή περίοδο, η Βοιωτία και ειδικά η Θήβα αναπτύσσεται, ενώ ιδρύεται και μια από τις σημαντικότερες μονές της εποχής, η Μονή Οσίου Λουκά. Από το 1204 η Βοιωτία περνάει διαδοχικά υπό τον έλεγχο των Φράγκων και των Καταλανών, μέχρι να καταλήξει μαζί με την υπόλοιπη Ελλάδα στα χέρια των Τούρκων. Η Βοιωτία ήταν από τις πρώτες περιοχές που συμμετείχαν στην επανάσταση του 1821 και αποτέλεσε από την πρώτη στιγμή κομμάτι του νεοσύστατου Ελληνικού κράτους.