Η Σαμοθράκη μάλλον κατοικείται από την προϊστορική εποχή, αλλά υπάρχουν διάφορες εκδοχές για το ποιοι ήταν οι πρώτοι κάτοικοι. Πιθανότεροι θεωρούνται οι Πελασγοί και οι Κάρες.
Το όνομα Σαμοθράκη πιθανότατα αποτελεί σύνθετη λέξη από την αρχαία λέξη «σάμος» που σήμαινε ψηλός, άρα επρόκειτο για την ψηλή Θράκη. Άλλωστε ο Όμηρος στην Ιλιάδα τοποθετεί τον Ποσειδώνα σε κορυφή της Σαμοθράκης να παρακολουθεί τον Τρωικό Πόλεμο.

Όπως μαρτυρά ο αρχαιολογικός χώρος στην Παλαιόπολη με το Ιερό των Μεγάλων Θεών, η Σαμοθράκη αποτελούσε σημαντικό λατρευτικό κέντρο από τον 4ο αιώνα π.Χ. και για περίπου 800 χρόνια. Εδώ τελούνταν τα Καβείρια Μυστήρια, θρησκευτικές τελετές πιθανώς ανάλογες με τα Ελευσίνια Μυστήρια, για τα οποία διαθέτουμε ελάχιστα στοιχεία.

Κατά την αρχαιότητα, η προνομιακή θέση της Σαμοθράκης σε συνδυασμό με τους φυσικούς της πόρους, την ανέδειξαν σε μια σημαντική πόλη-κράτος που διέθετε τον δικό της πολεμικό στόλο αλλά και νόμισμα. Μάλιστα κατείχε και εδάφη στην απέναντι Θράκη.

Με το πέρασμα των χρόνων και η Σαμοθράκη ακολουθεί τη μοίρα του υπόλοιπου ελλαδικού χώρου. Μακεδόνες, Ρωμαίοι, Βυζαντινοί, Γενουάτες και από το 1479 και μετά Τούρκοι κυριαρχούν στο νησί.

Το 1821 ξεσπά η Ελληνική Επανάσταση και η Σαμοθράκη σπεύδει να ξεσηκωθεί. Όμως οι Τούρκοι αντιδρούν και ακολουθεί μια άνευ προηγουμένου σφαγή που συρρικνώνει τον πληθυσμό του νησιού. Σταδιακά η Σαμοθράκη αποκτά μια σχετική αυτονομία για να απελευθερωθεί από το ελληνικό ναυτικό το 1921 και να ενσωματωθεί επιτέλους στην Ελλάδα.