Στα Κουφονήσια μπορείτε να φτάσετε με πλοίο από τα λιμάνια του Πειραιά και της Ραφήνας αλλά και κάνοντας island hopping από άλλα νησιά στις Κυκλάδες. Πάνω στα Κουφονήσια οι μετακινήσεις γίνονται μ εδικό σας όχημα ή με τα πόδια.