Αν βασιστούμε στην ελληνική μυθολογία, η Σίκινος πήρε το όνομα της από τον Σίκινο, το γιό του βασιλιά της Λήμνου Θόαντα. Ο μύθος λέει πως όταν σε μια στιγμή τρέλας οι γυναίκες της Λήμνου σκότωσαν όλους τους άνδρες του νησιού μόνο ο Θόας κατόρθωσε να δραπετεύσει και να φτάσει στο νησί που τότε ήταν γνωστό ως Οινόη. Εδώ έκανε ένα γιο, τον Σίκινο από τον οποίο απέκτησε και το όνομά του το νησί.

Σύμφωνα με τους ειδικούς, η Σίκινος κατοικείται ήδη από τα Μυκηναϊκά χρόνια. Πρώτοι της κάτοικοι μάλλον ήταν οι Ίωνες, ενώ αργότερα η Σίκινος θα ενταχθεί στην Αθηναϊκή Συμμαχία. Η Σίκινος ιστορικά ακολουθεί τη μοίρα των υπολοίπων Κυκλάδων περνώντας διαδοχικά υπό Ρωμαϊκή, Βυζαντινή και Ενετική κυριαρχία. Την περίοδο των Ενετών η Σίκινος μαζί με πολλά άλλα νησιά της περιοχής αποτελεί τμήμα του Δουκάτου της Νάξου.

Το 1537 με τις επιδρομές του διαβόητου Μπαρμπαρόσα στις Κυκλάδες, η Σίκινος περνάει στα χέρια της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας από την οποία θα απελευθερωθεί με την Ελληνική Επανάσταση του 1821. Από την πρώτη στιγμή που ιδρύεται το ελληνικό κράτος, η Σίκινος αποτελεί μέρος του.