Η Νάξος αναφέρεται στην ελληνική μυθολογία ως ο τόπος που ο Θησέας, επιστρέφοντας από την Κρήτη αφού σκότωσε τον Μινώταυρο, εγκατέλειψε την Αριάδνη. Ο Μύθος θέλει την εγκαταλελειμμένη Αριάδνη να εντοπίζεται από το θεό Διόνυσο, ο οποίος την ερωτεύτηκε και την πήρε μαζί του στον Όλυμπο.

Η Νάξος κατοικείται ήδη από την 4η χιλιετία π.Χ. και παίζει σημαντικό ρόλο στον κυκλαδικό πολιτισμό, κάτι που αποδεικνύεται και από τα σημαντικά αρχαιολογικά ευρήματα που μπορείτε να δείτε στο Αρχαιολογικό Μουσείο Νάξου και στους αρχαιολογικούς χώρους στο νησί.

Κατά την κλασική περίοδο ξεκινάει η κατασκευή του ναού του Απόλλωνα, από τον οποίο σήμερα σώζεται η περίφημη Πορτάρα. Το 490 π.Χ. η Νάξος θα καταστραφεί από τους Πέρσες και αργότερα θα ενταχθεί στην Αθηναϊκή Συμμαχία, η κατάρρευση της οποίας θα οδηγήσει και τη Νάξο σε παρακμή.

Κατά τα Βυζαντινά χρόνια η Νάξος ανήκει στο Θέμα του Αιγαίου, ενώ το 1207 θα καταληφθεί από τους Ενετούς και ο Μάρκος Σανούδος θα ιδρύσει το Δουκάτο της Νάξου. Οι Ενετοί θα διοικήσουν το νησί μέχρι τα μέσα του 16ου αιώνα, όταν και θα το καταλάβουν οι Τούρκοι, διάστημα στο οποίο θα δημιουργήσουν μεταξύ άλλων εντυπωσιακά κάστρα και πύργους.

Το νησί θα παραμείνει υπό Οθωμανική κατοχή μέχρι την Ελληνική Επανάσταση του 1821, όταν μαζί με τα υπόλοιπα νησιά στις Κυκλάδες θα αποτελέσει τμήμα του νεοσύστατου Ελληνικού κράτους.