Η περιοχή της Μαγνησίας κατοικείται ήδη από τη Νεολιθική περίοδο, όπως μαρτυρούν τα αρχαιολογικά ευρήματα στο Διμήνι και το Σέσκλο. Κατά τη μυκηναϊκή εποχή κάτοικοί της ήταν οι Μάγνητες, απόγονοι του Μάγνη, από τους οποίους παίρνει και το όνομά της ολόκληρη η περιοχή.

Κατά την αρχαιότητα, πλούσιες είναι οι αναφορές στη Μαγνησία εκεί που ο μύθος συναντά την πραγματικότητα. Στο Πήλιο ήταν η κατοικία τον Κενταύρων, μυθικών πλασμάτων που ήταν μισοί άνθρωποι και μισοί άλογα. Μάλιστα ο σοφότερος από αυτούς, ο Κένταυρος Χείρων, λεγόταν ότι αποτέλεσε δάσκαλο τόσο του Αχιλλέα όσο και του Ασκληπιού. Πλοία από τη Μαγνησία με επικεφαλής τον Φιλοκτήτη αναφέρονται από τον Όμηρο ότι συμμετείχαν στον Τρωικό πόλεμο. Επίσης στη Μαγνησία βρισκόταν η Ιωλκός, από όπου ξεκίνησε η περίφημη Αργοναυτική Εκστρατεία για να φέρει το ξακουστό «χρυσόμαλλο δέρας» από την Κολχίδα.

Μετά τη Μυκηναϊκή Εποχή, οι πόλεις της Μαγνησίας υποτάσσονται στους Θεσσαλούς και όταν αυτοί ηττώνται από τον Φίλιππο Β’ ,τον πατέρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου, οδηγούνται στην παρακμή.

Κατά τον 12ο αιώνα σημαντικό εμπορικό κέντρο της περιοχής γίνεται ο Αλμυρός, χάρη στην εγκατάσταση Ενετών και Γενουατών, ενώ την περίοδο της Τουρκοκρατίας τεράστια πνευματική και οικονομική ακμή γνωρίζουν τα χωριά του Πηλίου.

Αν και θα συμμετάσχει στην επανάσταση του 1821, η Μαγνησία θα ενσωματωθεί οριστικά και αμετάκλητα στο ελληνικό κράτος το 1881.