Κατά την αρχαιότητα το νησί ήταν γνωστό ως Ψύρα ή Ψύρια. Μάλιστα ο Όμηρος το αναφέρει στην Οδύσσεια. Τα αρχαιολογικά ευρήματα καταδεικνύουν πως τα Ψαρά κατοικούνται από την πέμπτη χιλιετία π.Χ.

Το σημαντικότερο κεφάλαιο στην ιστορία των Ψαρών αρχίζει να γράφεται το 1821. Τα Ψαρά είναι από τα πρώτα νησιά που ξεσηκώνονται ενάντια στην Οθωμανική αυτοκρατορία, υψώνοντας το λάβαρο της επανάστασης το 1821. Εκείνη την εποχή το νησί ευημερούσε χάρη στο στόλο του, που ήταν ο τρίτος σε δύναμη στην Ελλάδα μετά την Ύδρα και τις Σπέτσες.

Η Οθωμανική Αυτοκρατορία αποφασισμένη να καταστείλει την επανάσταση στέλνει πολυάριθμο στρατό και στόλο για να καταλάβει το νησί. Στις 21 Ιουνίου 1824 οι τουρκικές δυνάμεις αποβιβάζονται στο νησί μετά από σθεναρή αντίσταση των υπερασπιστών του. Ιστορικές πηγές αναφέρουν ότι τα πηδάλια των ψαριανών πλοίων είχαν αφαιρεθεί από τους ίδιους τους νησιώτες, ώστε να ενισχυθεί ο ζήλος τους για αντίσταση στη στεριά. Αν αυτό συνέβη, οπωσδήποτε πρόκειται για μεγάλο στρατηγικό λάθος. Μετά την αποβίβαση των τουρκικών δυνάμεων στα Ψαρά, ακολουθούν μάχες σώμα με σώμα σε όλο το νησί. Τελευταία εστία αντίστασης των υπερασπιστών των Ψαρών το Παλαιόκαστρο, η οχυρή θέση πάνω από την πόλη. Εκεί μερικές εκατοντάδες Ψαριανοί αντιστέκονται σθεναρά και όταν η άμυνα τους σπάει και βλέπουν ότι δεν υπάρχει ελπίδα, ο Αντώνιος Βρατσάνος βάζει φωτιά και ανατινάζει την πυριτιδαποθήκη του φρουρίου.

Μετά την κατάληψη των Ψαρών ακολούθησε σφαγή. Όσοι από τους κατοίκους του νησιού δεν πέθαναν επιτόπου πουλήθηκαν ως σκλάβοι, ενώ λίγοι κατάφεραν να σωθούν και να εγκατασταθούν στη Μονεμβασιά και αργότερα στη σημερινή Ερέτρια, που τότε την ονόμασαν νέα Ψαρά. Τα Ψαρά παρέμειναν υπό τουρκική κατοχή αν και αρκετοί κάτοικοι επιστρέφουν σε αυτά ειδικά κατά το τέλος του 19ου αιώνα. Το 1912 το ελληνικό αντιτορπιλικό «Ιέραξ» με κυβερνήτη τον πλοίαρχο Βρατσάνο, απόγονο του Αντώνη Βρατσάνου που ανατίναξε το Παλαιόκαστρο, απελευθερώνει τα Ψαρά που ενσωματώνονται οριστικά και αμετάκλητα στην Ελλάδα.