Αναφορές στις Οινούσσες γίνονται κατά την αρχαιότητα από τον Θουκυδίδη και τον Ηρόδοτο, γεγονός που αποδεικνύει ότι το νησί κατοικείται από τότε. Ακολουθώντας τη μοίρα της Χίου, οι Οινούσσες θα δεχτούν ως κυρίαρχους Γενουάτες και Οθωμανούς και θα συμμετάσχουν στην Ελληνική Επανάσταση του 1821. Αυτή η επανάσταση θα οδηγήσει στην πασίγνωστη Σφαγή της Χίου γεγονός που θα αποδειχθεί καθοριστικό για το μέλλον του τόπου. Οι κάτοικοι αναγκάζονται να εγκαταλείψουν τις Οινούσσες και να αναζητήσουν ασφαλές καταφύγιο σε μέρη όπως η Σύρος και η Τήνος. Εκεί θα έρθουν σε επαφή με άλλους ναυτικούς και μετά από λίγα χρόνια επιστρέφουν στο νησί τους αποφασισμένοι να ασχοληθούν με τη ναυτιλία.

Αρχικά οι Οινουσσιώτες εργάζονται σε χιώτικα ιστιοφόρα και σιγά-σιγά αποκτούν τα δικά τους. Ο Κριμαϊκός Πόλεμος δίνει ώθηση στη ναυτιλία και το εμπόριο της περιοχής και οι Οινούσσες ευημερούν. Με την ανακάλυψη των ατμόπλοιων, οι Οινουσσιώτες ναυτικοί αντιλαμβάνονται αμέσως ότι εκεί βρίσκεται το μέλλον της ναυτιλίας και αρχίζουν να ναυπηγούν τα δικά τους ατμόπλοια. Αυτός ο στόλος θα δώσει νέα πνοή και ανάπτυξη στο νησί μέχρι τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, οπότε και μεγάλο μέρος του θα καταστραφεί. Όμως οι Οινουσσιώτες εφοπλιστές δεν έχουν μάθει να το βάζουν κάτω και με την αγορά Liberties ξαναδημιουργούν το στόλο τους και αναδεικνύονται για άλλη μια φορά πρωταγωνιστές στο χώρο της ναυτιλίας, μια θέση που κρατούν μέχρι και σήμερα χάρη στην οποία το νησί οφείλει τη σημερινή του μορφή.

Οι Οινούσσες ενώθηκαν με την Ελλάδα το 1912 και σήμερα μπορεί να έχουν κάτω από χίλιους μόνιμους κατοίκους, αλλά πολλοί είναι οι Οινουσσιώτες που ζουν στο εξωτερικό και ανήκουν στους κορυφαίους εφοπλιστικούς κύκλους.