Με βάση τα αρχαιολογικά ευρήματα οι Σπέτσες πρωτοκατοικήθηκαν περίπου την τρίτη χιλιετία π.Χ.

Οι Σπέτσες στην αρχαιότητα ονομαζόντουσαν Πιτυόνησος και Πιτυούσα εξαιτίας των πολλών πεύκων που είχε το νησί. Οι Φράγκοι από τους οποίους και παίρνει το σημερινό του όνομα το νησί, το αποκαλούσαν « Ιζόλα ντι Σπέσια» που σήμαινε αρωματοφόρος νήσος.

Την εποχή της Φραγκοκρατίας στο νησί κυριαρχούν οι Ενετοί τους οποίους διαδέχτηκαν οι Τούρκοι. Ο αρχικός μεσαιωνικός οικισμός των Σπετσών βρισκόταν στη σημερινή περιοχή Καστέλι. Η σημερινή πόλη χτίζεται στα τέλη του 18ου αιώνα. Από το 1770 οι Σπετσιώτες αγωνίζονται με τους υπόλοιπους Έλληνες να κερδίσουν την ανεξαρτησία τους. Το 1821 οι Σπέτσες είναι από τα πρώτα νησιά, μαζί με την Ύδρα και τα Ψαρά. που υψώνουν τη σημαία της επανάστασης και χάρη στο μεγάλο εμπορικό στόλο που διέθεταν, έπαιξαν καθοριστικό ρόλο στον αγώνα. Αυτή την εποχή διακρίνονται ιδιαίτερα Σπετσιώτες αγωνιστές με πιο γνωστούς τη Λασκαρίνα Μπουμπουλίνα, τον Χατζηγιάννη Μέξη και τον Κοσμά Μπαρρμπάτση που πετυχαίνουν ηρωικά κατορθώματα όπως η πυρπόληση της τουρκικής Αρμάτας. Ο εμπορικός αυτός στόλος των Σπετσών ήταν μέχρι τότε πηγή εσόδων για το νησί που μετά την επανάσταση οδηγείται σιγά-σιγά σε παρακμή, και ο πληθυσμός του μειώνεται.

Οι Σπέτσες αρχίζουν να κινούνται ανοδικά ξανά στις αρχές του 20ου αιώνα χάρη και στον εθνικό ευεργέτη Σωτήριο Ανάργυρο. Χάρη στο όραμά του για την ανάδειξη του νησιού, τα έργα που πραγματοποιούνται όπως το Ποσειδώνιο, και η Αναργύρειος και Κοργιαλένειος Σχολή δίνουν μια νέα ώθηση στις Σπέτσες, Αυτή η η προσπάθεια ολοκληρώνεται με την ραγδαία τουριστική ανάπτυξη που τις μετατρέπει στον κοσμοπολίτικο τουριστικό προορισμό που είναι σήμερα.