Η Νίσυρος διαθέτει και το δικό της εκκλησιαστικό μουσείο.

Στο εκκλησιαστικό μουσείο Νισύρου ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει ένα μεγάλο αριθμό θρησκευτικών κειμηλίων που προέρχονται κυρίως από το μοναστήρι της Παναγίας Σπηλιανής και την Παναγία την Ποταμίτισσα. Ανάμεσα στα εκθέματα του μουσείου ξεχωρίζουν:

• Ιερά Ευαγγέλια και άλλα εκκλησιαστικά βιβλία
• Δισκοπότηρα και άλλα εκκλησιαστικά σκεύη
• Σταυρούς, λειψανοθήκες και ιερατικά άμφια
• Αφιερώματα και τάματα από την Παναγία Σπηλιανή
• Συλλογή από εικόνες του 19ου και 20ου αιώνα

Ακόμα στο μουσείο θα δείτε αντικείμενα που συνδέονται με διάφορες θρησκευτικές τελετές, όπως νυφικά φορέματα, στολίδια και νυφικά κανάτια από γάμους καθώς και κολυμπήθρες από βαπτίσεις.